O Conselho Geral (CG) é a instância deliberativa do SNCA, incumbida de promover a concertação e a intervenção coordenada no domínio da segurança sanitária e qualidade dos géneros alimentícios no país, bem como acompanhar, avaliar e definir as intervenções nesse domínio. Integra altos representantes das instituições da Administração Pública com atribuições no controlo de alimentos, das organizações representativas dos operadores económicos do sector alimentar e das associações de defesa de consumidores.
São membros do CG, representantes dos departamentos governamentais responsáveis pela Saúde, Pesca, Agricultura, Pecuária, Ambiente, Indústria, Comércio, Turismo, Inspecção económica, Alfândegas, Operadores económicos, Associações de defesa dos consumidores, Associação Nacional dos Municípios, Codex Alimentarius, Organismo Nacional da Qualidade, Universidades e instituições de ensino superior.
Estes representantes exercem o seu mandato por períodos de 3 (três) anos, renováveis, podendo ser substituídos, temporariamente ou a título definitivo, no exercício das suas funções mediante indicação prévia das entidades que representam. Asseguram, ainda, a interligação entre o CG e as entidades que representam e têm como função primordial colaborar na discussão e formação de consensos e deliberar sobre questões relativas à segurança sanitária e qualidade de alimentos.
Este Conselho é presidido pela Presidente em exercício da ARFA, Djamila Reis.
