Com a nova orgânica desaparecem algumas das estruturas nomeadamente, o Gabinete de Estudos e Legislação, o Arquivo de Identificação Civil e Criminal, a Direcção Geral dos Serviços Penitenciários e de Reinserção Social, o Conselho Técnico dos Assuntos Penitenciários, o Conselho Consultivo para o combate à Criminalidade e a Direcção Geral da Administração.
Estruturas centrais
A nova organização estrutural subdivide-se, pois, em estruturas centrais, de apoio directo ao Ministro, onde se incluem o Gabinete do Ministro e de estruturas centrais, de serviços, englobando, a Direcção Geral de Planeamento, Orçamento e Gestão, a Direcção Geral dos Registos, Notariado e Identificação, a Direcção Geral dos Serviços Penitenciários e a Direcção Geral dos Serviços da Reinserção Social.
De realçar o facto da Direcção Geral dos Serviços de Reinserção Social passar a ficar administrativamente autonomizada face às estruturas penitenciárias, com a natureza de um serviço encarregado da concepção, preparação e acompanhamento da execução de medidas destinadas a assegurar reintegração social dos reclusos condenados em penas de prisão ou em medidas de segurança em estabelecimento prisional e, bem assim, da coordenação e superior orientação técnica e administrativa dos centros sócio-educativos de acolhimento dos menores com mais de 12 anos de idade quando, sujeitos à aplicação de medidas tutelares sócio-educativas de internamento em estabelecimento apropriado.
E como consequência da autonomização desse serviço, surge a Direcção Geral dos Serviços Penitenciários, com a natureza de serviço central do MJ encarregado unicamente de executar as medidas judiciais de restrição da liberdade das pessoas e, ainda, de conceber, propor, elaborar as medidas de política concernentes, permitindo uma mais eficaz gestão e administração dos estabelecimentos de reclusão dos recursos que lhes estão afectos. Sem prejuízo naturalmente, e antes impondo-se a permanente articulação e inter-relacionamento entre esta Direcção-Geral e a da Reinserção Social no recíproco exercício das correspondentes competências.
A nova orgânica vem, ainda, dotar a Direcção-Geral dos RNI de algum espaço de actuação, com adequada autonomia funcional, para que esta estrutura funcione num quadro de integração orgânica, de coordenação e de apoio técnico-jurídico e de fiscalização, controle e avaliação das actividades dos registos, notariado e identificação, tudo isso com o objectivo de melhorar a eficácia no desempenho técnico das respectivas competências,
Estruturas especiais e órgãos de natureza consultiva
Como estruturas especiais permanentes foram criadas a Comissão de Reformas e Acompanhamento das Leis, a Unidade de Coordenação das Casas do Direito e a Comissão de Programas Especiais de Segurança.
Como serviços e fundos autónomos, mantêm-se a Polícia Judiciária, a Comissão de Coordenação do Combate à Droga e o Cofre Geral da Justiça.
Igualmente foram criados alguns órgãos centrais de natureza consultiva, designadamente o Conselho Consultivo para a Justiça, Cidadania e Direitos Humanos, o Conselho Consultivo para os Registos, Notariado e o Conselho Consultivo para a Reinserção Social e para os Assuntos Prisionais.
De referir que a orgânica do MJ vigente, foi aprovada com a nomenclatura "Ministério da Justiça e Administração Interna" pelo Decreto-Lei n.º 7/2002, de 25 de Fevereiro, pelo que naturalmente carecia de actualização face a autónoma estruturação orgânica das funções da Administração Interna, com a consequente cisão do respectivo departamento governamental da área da Justiça levada a cabo através do Decreto-Lei n.º 39/04, de 11 de Outubro, para além da necessidade da sua adequação aos princípios, critérios e parâmetros para a reestruturação interna dos serviços da Administração Pública, introduzidos pelo Decreto-Lei n.º 9/2009, de 6 de Abril.
