Criada a 06 de Julho de 2009 pela Resolução N.º 19/2009, esta comissão tem como missão aprovar o Plano Especial de Contingência de Luta Contra a Pandemia da Gripe A (H1N1), coordenar todo o processo de controlo da epidemia, disponibilizar os recursos necessários para conter o seu avanço e minimizar o seu impacto.
A Comissão é composta por nove membros a saber: o Primeiro-ministro que preside, o Ministro de Estado e das Infra-estruturas, Transportes e Comunicações, o Ministro de Estado e da Saúde, o Ministro da Administração Interna e o Ministro do Ambiente, Desenvolvimento Rural e dos Recursos Marinhos. A Comissão tem como uma das principais atribuições coordenar e acompanhar a implementação do referido Plano de Contingência.
